Benito nació el 10 de marzo de 1994 en Almirante Sur, Puerto Rico. Su padre, Tito Martínez, era un conductor de camiones, y su madre, Lysaurie Ocasio, una retirada maestra de inglés. Su madre solía escuchar canciones de salsa, merengue y baladas, como la de Juan Gabriel Abrázame muy fuerte, mientras que Bad Bunny ayudaba con los coros. Martínez creció en las playas de Puerto Rico, en la comunidad de Vega Baja, con sus padres y dos hermanos menores, Benie y Bysael, a quien considera ser de sus mejores amigos. Él declaró ser criado en un hogar feliz, diciendo que "no era de los chicos que solían andar en la calle, me gustaba estar en casa con mi familia".
Queriendo ser un cantante desde los 5 años, atendía la iglesia junto a su madre cuando era niño y cantaba en el coro hasta los 13 años. Después de dejar el coro, desarrolló intereses por artistas que sonaban en la radio, como Daddy Yankee y Héctor Lavoe. Su primera presentación como solista fue cuando interpretó la canción de Juanes Mala gente en un show de talentos escolar. Su nombre artístico proviene de una fotografía de su infancia en la que tiene puestas unas orejas de conejo y posa con un rostro de pocos amigos. A pesar de ser tímido durante su tiempo en la secundaria, Benito solía hacer freestyles para entretener a sus compañeros de clase, desarrollando una reputación en su escuela por su creatividad y humor. Sus intereses en su adolescencia incluyeron el skateboarding y la lucha libre profesional, de donde también sacó su estilo de moda.
Hablando de su distancia de la industria musical de Puerto Rico, Bad Bunny declaró: "Soy de Vega Baja, un área pequeña que no es una metrópolis como San Juan que es donde provienen la mayoría de los artistas del género. Eso es lo más sorprendente e increíble de todo esto, yo vine de la nada misma. Cuando estaba en la escuela solía pararme en el balcón de mi casa cantando y la gente se acercaba a escucharme". Además reveló que cuando era joven su madre quería que fuera un ingeniero y su padre prefería que fuera un jugador de béisbol, mientras que su maestro decía que le iría mejor como un bombero. En cambio, él tomó clases de comunicación audiovisual en Universidad de Puerto Rico en Arecibo.